基本的に身体にとって害がなく、多くの人にとっては何事も起こらないような物質に対して、免疫反応が起こってしまう症状をアレルギー（免疫過敏症）といいます。
アレルギーは、過剰に起こる免疫反応なので、その原因、つまり抗原となる物質があります。それをアレルゲンといいます。
花粉症は、スギやヒノキ、ブタクサ、イネなどの花粉をアレルゲンとして、過剰な免疫反応が起こってしまう症状です。
花粉が体に入ってくると、マクロファージ（白血球の一種）が異物だと認識して、それを貪食します。
そして、細胞内で部分分解し、その分解産物を自分の膜表面に旗のように掲げます。
この膜の表面に掲げられた部分分解産物をエピトープ（抗原決定基）といいます。
血液中には、このエピトープに反応するT細胞とB細胞（いずれも白血球の一種）のセット（クローンといいます）があり、エピトープを認識し、活性化します。
B細胞はT細胞（ヘルパーT細胞）の刺激によって分裂増殖を繰り返します。
B細胞は数がある程度増えると、次はT細胞の助けによって、プラズマ細胞（形質細胞）へと分化します。
このプラズマ細胞が、Ige型抗体（アレルギーにかかわる抗体）を大量に作ります。
作り出されたIge型抗体は、ひとまず肥満細胞や好塩基球などの表面に蓄えられます。
肥満細胞とは、ヒスタミンなどの化学物質を大量に詰め込んだ細胞で、丸々と太っているように見えるため、肥満細胞（マスト細胞）と呼ばれています。
鼻の粘膜、目の結膜、気管支の粘膜、皮下、血管、筋肉など、あらゆるところに存在しています。
次に同じ異物（花粉）が侵入してきたとき、肥満細胞の表面にあるIge型抗体と異物が結合し、異物を敵と認識します。
敵を攻撃するため、肥満細胞はヒスタミンなどを放出します。
ヒスタミンなどの作用によって、免疫の防衛機能としての炎症が、体のあちこちに発生します。
その結果、涙や鼻汁が大量に分泌されたり、皮膚に痒みや腫れが起きたり、咳やくしゃみが起きたりします。
鼻アレルギー（アレルギー性鼻炎）は、ヒスタミンなどの作用によって下記のような反応が起こっている症状です。
・鼻の粘膜の神経を刺激し、くしゃみを起こさせる。
・鼻粘膜にむくみを生み、鼻づまりを起こさせる。
・鼻粘膜細胞から粘液（鼻汁）を分泌させる。
これらの反応は、異物をやっつけ、体外に押し出すという免疫本来の作用でもあります。
しかし、体に害を与えないはずの花粉に対して、過剰な反応が起こってしまうという点で、花粉症はアレルギー（過敏症）といえます。